Depois de Espécie em Extinção vem o Complexo de Messias. O novo arco é tradicional, sem minisséries adicionais ou especiais, à exceção da revista inicial (o especial X-Men: Messiah Complex), todo o resto da história ocorre nas quatro revistas mutantes principais (Uncanny X- Men, X-Men, X-Factor e New X-Men). A edição especial X-Men: Complexo de Messias tem roteiro de Ed Brubaker e arte de Marc Silvestri. O evento unifica os mutantes sob a liderança de Scott Summers, o Ciclope, e deixa mais claro aos leitores qual a equipe, e as diferenças, de cada revista. Além dos X-Men mais tradicionais (Wolverine, Ciclope, Fera, Vampira, Homem de Gelo etc) também são muito importantes para esta história o Homem-Múltiplo, Hellion, Bishop, Gambit, Lupina, Apache e X-23. Diversos vilões tradicionais do universo mutante, como o Sr. Sinistro, estão presentes na história.
Depois deste evento, os X-Men estarão mais parecidos com um exército do que com uma família.
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