Super-Homem une seus aliados mais próximos (Superboy, Supergirls, Krypto e Erradicador) para o que será chamada de "a maior missão de resgate do universo".
O objetivo é trazer de volta à Terra o cientista John Henry Irons (o Aço), que, enlouquecido pelo poder da Égide Entrópica e manipulado por Darkseid, se encontra aprisionado no planeta Apokolips. Kara Zor El, a nova Supergirl, acaba também por embarcar na missão de resgate, mesmo que contra a vontade do herói.
Ao chegar em Apokolips, o Homem de Aço propõe a Darkseid que se enfrentem num asteróide que orbita o planeta. Vencendo a luta, o herói terá direito de levar Aço de volta à Terra. No caso de vitória do Novo Deus, este poderá ficar com John Henry e a Égide Entrópica e ter a possibilidade de estudar e usar seu poder para dominar todo o universo.

Apokolips Now traz algo que há muito tempo fãs do Super-Homem e de todo universo DC esperam: uma luta até o final entre o herói e o grande vilão Darkseid, algo que os dois vêm ensaiando desde a série Lendas, há aproximadamente 20 anos, mas que sempre era interrompida antes de ter um desfecho convincente.
Esse é o carro-chefe da edição, o embate definitivo entre esses grandes ícones do universo DC. No entanto, há uma boa história por trás disso, o que justifica esse confronto e finalmente mostra o fechamento de uma das últimas pontas deixada pela saga Mundos em Guerra